Cảng Quy Nhơn hiện chỉ có duy nhất khu bến cảng Thị Nại có khả năng tiếp nhận tàu tới container tới 50 nghìn DWT. Theo quy hoạch của Chính phủ Việt Nam, tới năm 2020, cảng Quy Nhơn sẽ có thêm khu bến cảng Nhơn Hội (trong khu kinh tế Nhơn Hội) có khả năng tiếp nhận tàu tới 80 - 100 nghìn DWT làm cảng chuyên dụng và khu bến cảng Đống Đa, Đề Gi, Tam Quan làm khu bến địa phương vệ tinh.

Tại khu bến cảng Thị Nại, hiện cảng Quy Nhơn có 6 bến cảng. Các bến số 1, số 2 và số 3 có độ sâu trước bên là -17,5 mét, dài từ 200 đến 300 mét cho phép tiếp nhận các tàu có trọng tải 20 ngàn DWT. Các bến số 4 và 5 có độ sâu là -29,3 mét và dài 355 mét, có thể tiếp nhận các tàu có trọng tải 20 ngàn DWT. Riêng bến số 6 có độ sâu là -25 mét và dài 500 mét, có thể tiếp nhận tàu có trọng tải tới 100 ngàn DWT.

Luồng vào cảng Quy Nhơn dài 20  km và sâu -30 mét.